A fost arestat, pentru prima data, acuzat fiind de legaturi cu legionarii, in 1945. Dar este eliberat in absenta unor dovezi clare. Trei ani mai tarziu, este din nou arestat si anchetat, pentru vina de a-i fi ajutat crestineste cu hrana pe luptatorii anticomunisti din Muntii Fagarasului.
Apoi parintele Arsenie Boca a fost trimis la munca pe santierul de la Canalul Dunare – Marea Neagra, unde s-a produs una dintre intamplarile inexplicabile care il au drept protagonist pe duhovnic.
A reusit sa “iasa” prin zidurile temnitei, ca sa ia parte la inmormantarea mamei sale. Parintele a disparut pur si simplu din celula de langa canal si s-a intors dupa 3 ore, iar slujba a avut loc la Vata de Sus, la sute de kilometri departare. Gardienii chiar au sunat acolo sa afle daca intr-adevar Arsenie Boca a fost prezent la inmormantare si li s-a confirmat ca da, noteaza opiniatimisoarei.ro.
Se mai spune, pe baza marturiilor supravietuitorilor temnitelor comuniste, ca usa celulei sale se deschidea in fiecare noapte, astfel ca un gardian trebuiea sa stea in permanenta in fata ei. Se spune ca Boca disparea pur si simplu, si se intorcea spre dimineata.
Primul mare semn dumnezeisc s-ar fi aratat insa chiar dupa prima lui arestare. Intr-o noapte, monahul a fost scos din celula in care statea, in arestul Securitatii de la Hateg, de doi militieni. Cei doi l-au ridicat de subsiori si l-au batjocorit in fel si chip. La scurt timp dupa aceasta, mainile celor doi militieni s-au uscat pur si simplu, acestia ramanand infirmi pe viata.