Seminţele de pepene verde sunt foarte bogate în proteine, în 150 de grame de seminţe uscate sunt 30,6 grame de proteine ceea ce reprezintă 61 la sută din valoarea zilnică recomandată. Proteinele din seminţele de pepene verde conţin aminoacizi esenţiali, printre care cei mai importanţi sunt: arginină, care are capacitatea de a regla tensiunea arterială şi de a ameliora suferinţele arterelor mici. Seminţele conţin şi triptofan, acid glutamic, şi lizină.
Seminţele de pepene roşu sunt foarte bogate în vitamine din grupul B. Fără această nutrienţii din alimente nu pot fi transformate în energie. Cea mai răspândită vitamina din grupul B care se află în seminţele de pepene verde este niacina. În 100 de grame de seminţe fiind 3,8 miligrame, adică 19 la sută din valoarea zilnică. Niacina este esenţială pentru menţinerea sănătăţii sistemului nervos, sistemul digestiv şi pentru menţinerea elasticităţii pielii. Seminţele de pepene conţin şi tiamină, riboflavină, vitamina B6 şi acid pantotenic.
În ceea ce priveşte mineralele, acestea abundă în seminţele de pepene roşu. La loc de cinste stă magneziul, în 150 de grame de seminţe fiind 556 miligrame, ceea ce înseamnă 139 la sută din valoarea zilnică recomandată. Alte minerale importante prezente în seminţele de pepene sunt fosforul, fierul, potasiul, sodiu, cupru, mangan şi zinc. Toate acestea contribuie la procesele metabolice, întreţin musculatura şi articulaţiile, dar şi tonusul musculaturii netede.
Cel mai surprinzător lucru care poate să fie spus despre seminţe de pepene roşu este cantitatea de grăsimi sănătoase pe care acestea le conţin. În 150 de grame de seminţe uscate, sunt 51 de grame de grăsimi monosaturate, grăsimi polinesaturate, şi omega 3 şi omaga 6.