Comisia a constatat că însăşi constituirea arhivei s-a făcut în mod ilegal. În raport se spune că "din dispoziţia factorilor decizionali, s-a procedat la constituirea arhivei în contradicţie cu prevederile legale şi fără avizul conform al CSAT".
Comisia a constatat mai multe nereguli şi cu privire la evidenţa, păstrarea, procesarea şi distrugerea informaţiilor secrete, în contradicţie cu prevederile legale, potrivit raportului predat ministrului Justiţiei la data 17 aprilie 2008.
Între nereguli, se remarcă ştersături cu pastă corectoare, renumerarea notelor informative,erori materiale cu privire la opisarea documentelor, precum şi opisarea dezordonată a arhivelor "care face practic imposibilă stabilirea destinaţiei pe care ar trebui să o aibă documentele create".
De asemenea, unele rapoarte prezintă menţiunea "s-a făcut copie xerox", precum şi menţiunea "nota e pe discheta nr...". A fost dispusă, de asemenea, operațiunea de rescriere a hard-disk-urilor aflate în incinta Direcției generale de Protecție și Anticorupție.
"Comisia nu a identificat Ordinul Ministrului Justiției prin care s-a dispus această operațiune și nici dacă au fost respectate prevederile legale pentru realizarea acestor demersuri", se spune în raport.
„În zona proximă spațiului de depozitare a arhivei, Comisia a identificat un multifuncțional xerox, activat prin cheie de acces, folosit anterior pentru executarea de copii xerox după documentele aflate în arhivă. Pe toată durata activității Comisiei, xeroxul a fost depozitat în afara spațiului arhivei, fiind sigilat pe componente de operare cu bandă adezivă", se mai arată în raportul prezentat de evz.ro.
Potrivit raportului, a fost identificat şi un registru privind operaţiunile de distrugere a documentelor. În privinţa mediilor de stocare electronică, a fost găsit un dosar conţinând 11 plicuri sigilate conţinând CD-uri şi o cutie cu un hard-disk.
Un alt aspect grav semnalat în raportul adnotat ca "secret de serviciu" se referă la faptul că documente clasificate NU erau înregistrate sau erau înregistrate defectuos în registrele speciale. S-au încălcat în acest fel standardele naţionale de protecţie a informaţiilor clasificate.
Unele documente au fost predate ministrului Monica Macovei
În raportul comisiei, se precizează negru pe alb că fostul ministru al Justiţiei Monica Macovei a beneficiat de documente din arhiva operativă aflată în cadrul Serviciului de Informații Clasificate din Ministerul Justiției.
Membrii Comisiei desemnate prin OMJ nr. 106/C/03.02.2005 au ridicat documente din arhiva operativă aflată în cadrul Serviciului de Informații Clasificate din Ministerul Justiției pe care le-au predat ministrului justiției Monica Macovei.
„Comisia actuală nu a putut identifica și nu cunoaște dacă documentele clasificate ridicate de membrii comisiei au fost restituite de acești membri sau de către ministrul justiției, Monica Macovei, și nici dacă alte măsuri de valorificare au fost dispuse de fostul ministru al justiției Monica Macovei", se spune în raportul secret.
Trei comisii de inventariere a Arhivei SIPA
Fostul ministru al justiţiei, Monica Macovei, a desemnat în 21 iunie 2006 prima comisie de inventariere a documentelor a arhivelor din cadrul Direcţiei Generale de Protecţie şi Anticorupţie (DGPA). Comisia era formată din istorici, consilieri de stat şi consilieri ai Ministrului Justiţiei.
O a doua comisie a fost desemnată în 19 ianuarie 2007, fiind alcătuită din doar doi membri, respectiv judecătorul Cristi Daniţel şi procurorul Paul Dumitriu.
Aceştia aveau misiunea de a "clarifica problemele apărute în procesul de analiză" a arhivei operative a DPA, dar "membrii comisiei nu au dus la îndeplinire dispoziţile Ordinului ministrului şi nu au întocmit niciun raport", potrivit documentului citat.
A treia Comisie, cea care a prezentat raportul citat de evz, a fost desemnată la 31 mai 2007 şi a fost alcătuită din magistraţi - judecători, procurori, consilieri juridici.