Inițial, pe 5 iunie, Judecătoria Sectorului 5 i-a respins lui Necolaiciuc cererea de eliberare condiționată, însă Tribunalul București i-a admis vineri contestația.
În octombrie 2014, Mihai Necolaiciuc a fost condamnat de Curtea de Apel București la patru ani și șase luni închisoare cu executare, pentru săvârșirea infracțiunii de utilizare în alte scopuri a creditelor garantate din fonduri publice sau care urmează să fie rambursate din fonduri publice.
Din această pedeapsă a fost scăzută perioada petrecută de Necolaiciuc în arest preventiv, respectiv 17 iunie 2009 — 18 octombrie 2011, astfel încât fostul director al CFR a stat doar 9 luni în închisoare. În același dosar, Viorica Olăeru, fost director al Direcției Economice în cadrul CFR, a fost condamnată definitiv la trei ani închisoare cu executare. Tot atunci, instanța i-a obligat pe Mihai Necolaiciuc și Viorica Olăeru să plătească în solidar cu partea responsabilă civilmente SC CNCF — CFR SA suma de 8.459.972 lei către Ministerul Transporturilor.
Mihai Necolaiciuc și Viorica Olăeru au fost trimiși în judecată de DNA pe 12 mai 2011, fiind acuzați de săvârșirea infracțiunii de utilizare în alte scopuri a creditelor garantate din fonduri publice sau care urmează să fie rambursate din fonduri publice, în formă continuată (66 acte materiale).
Procurorii au reținut că, în cursul anului 2000, România a încheiat cu Banca Europeană de Investiții (BEI) un contract de finanțare pentru realizarea 'Proiectului de reconstrucție pentru eliminarea efectelor inundațiilor', contract ce viza reconstruirea infrastructurii afectate de inundațiile din 2000 și din anii anteriori.
"În ceea ce privește CN CFR, finanțarea s-a acordat pentru efectuarea de lucrări de reconstrucție și consolidare a liniilor de cale ferată în valoare de 34,3 milioane euro. Clauzele contractuale stipulau ca banii să fie utilizați exclusiv pentru achiziționarea de bunuri și servicii și pentru realizarea lucrărilor de natura celor menționate anterior. Fondurile necesare rambursării împrumutului se asigurau de la bugetul de stat, prin bugetul Ministerului Transporturilor, Lucrărilor Publice și Locuinței", arăta DNA.
În aceste condiții, potrivit procurorilor DNA, în perioada decembrie 2001 — ianuarie 2003, Mihai Necolaiciuc, în calitate de director general CN CFR, și Viorica Olăeru, director al Direcției Economice din cadrul aceleiași companii, și-au încălcat atribuțiile de serviciu și, ignorând clauzele respectivului contract de împrumut, au utilizat suma de peste 8,6 milioane lei, aproximativ 2.755.000 euro, provenită din creditul acordat de către BEI, în alte scopuri decât cele pentru care au fost acordate.
"Concret, cei doi au avizat 66 de ordine de plată către 57 de societăți comerciale, fiind achitate, în mod preferențial, bunuri și servicii fără legătură cu proiectul (servicii de publicitate în presă, saci de folie, radiotelefoane HP, frigidere, echipamente aer condiționat, salopete din doc, covoare PVC, calendare și agende, etc.", explicau procurorii.
Mihai Necolaiciuc mai este trimis în judecată în alte trei dosare penale.
În unul dintre aceste dosare, el a fost condamnat pe 3 iunie 2015 la zece ani închisoare pentru abuz în serviciu, însă decizia nu este definitivă.
