Popoviciu, ginere al fostului demnitar comunist Ion Dincă, a fost acuzat de către procurori că, în perioada 2000-2004, a făcut o serie de înțelegeri cu Ioan Niculae Alecu, pe atunci rector al Universității de Științe Agronomice şi Medicină Veterinară pentru a intra ilegal în posesia pământurilor. Totodată, procesul discretului om de afaceri a ridicat multe semne de întrebare, după ce mai multe abuzuri ale magistraților au ieșit la iveală. De la probe fabricate, la amenințări transmise de procurorul de caz, dosarul milionarului s-a îndepărtat tot mai mult de justiție.
Puiu Popoviciu a făcut o plângere la CEDO privind reținerea sa pentru 24 de ore, și i s-a dat dreptate.
,,CEDO a admis plângerea şi a constatat încălcarea drepturilor fundamentale recunoscute şi garantate de art. 5 parag. 1 din Convenţia Europeană a Drepturilor Omului (cauza Popoviciu c. României, hotărârea din 1 martie 2016)."
În plus, procurorul Marin Nicolae i-ar fi transmis mesaje de amenințare lui Popoviciu, spunându-i că „va merge până în pânzele albe și că se va bate până la capăt cu acest dosar”, potrivit declarației date de omul de afaceri în fața Înaltei Curți de Casație și Justiție.
În dosar a fost cercetat și fostul rector Alecu Ioan Nicolae. Acesta a fost la un pas să moară în sediul DNA din cauza unor probleme cardiace. Nicolae spune că a semnat, în final, o declarație inventată de procurorul Claudia Roșu.
„Am fost luat cu salvarea la solicitarea DNA şi dus la spitalul municipal Bucureşti, unde un medic a afirmat că dacă mai întârziam 5 minute, puteam să mor. Am fost consultat de mai mulţi medici 6-7 (...), apoi am fost adus înapoi la DNA, unde mi s-a cerut să dau din nou declaraţie, pe care nu am mai dat-o. Am fost reţinut pentru 24 de ore. A doua zi am fost din nou la DNA, starea mea fiind la fel de gravă, am fost de acord să semnez o declaraţie scrisă de procuror Claudia Roşu, deşi multe lucruri nu erau reale.", a declarat Alecu Ioan Nicolae, fostul rector al Universității de Științe Agronomice.
Iar șirul abuzurilor a continuat. Procurorii Doru Florin Ţuluş, Claudia Roşu şi Marin Nicolae au fost anchetați penal pentru presiuni exercitate asupra Universității de Științe Agronomice și Medicină Veterinară, pentru a se constitui parte civilă în dosar, deși comisia din cadrul Instituției a stabilit că nu a existat niciun prejudiciu. Tot procurorii au decis să ignore declarația martorului denunțător Ion Motoc, acesta susținând că Popoviciu nu i-a cerut nimic și nu i-a promis nimic.
În dosarul Băneasa a fost implicat și George Becali, ca martor. Apoi a urmat Stoica Marius Constantin, tot ca martor. Dar, pentru că nu au servit instanței mărturiile dorite de procurorul Marin Nicolae, legiuitorul a decis să înceapă urmărirea lor penală pentru mărturie mincinoasă.
În acest context, George Becali a solicitat Parchetului să i se dea neînceperea urmăririi penale în legătură cu acuzația de mărturie mincinoasă, întrucât, spune el, a declarat potrivit intereselor Parchetului. Ulterior, în ambele cazuri, DNA a dispus clasarea.