Înalţii ierarhi ai Bisericii nu au putut fi verificaţi în legătură cu relaţia lor cu Securitatea. Din cei 11 înalţi prelaţi invitaţi la Consiliul Naţional pentru Studierea Arhivelor Securităţii, doar unul s-a prezentat la audieri, şi anume arhiepiscopul de Alba, Andrei Andreicuţ.
Referitor la refuzul preoţilor de a se prezenta la audieri, Patriarhia Română a acuzat CNSAS că duce o campanie împotriva clericilor ortodocşi care are ca scop umilirea Bisericii. În replică, membrii Colegiului a precizat că instituţia pe care o reprezintă va începe să dea verdicte înalţilor prelaţi după alegerile pentru scaunul de Patriarh.
Colegiul a reuşit să dea un singur verdict de poliţie politică, în cazul Mitropolitul Banatului, Nicolae Corneanu. Înaltul prelat a negat verdictul.
Legea de organizare a CNSAS prevede ca persoanele cu funcţii înalte, inclusiv în Biserică, să fie verificate de CNSAS.