Mama celui de-al treilea copil nelegitim al lui Lugo susţine că l-a întâlnit pe tată în 2006, în timpul campaniei electorale. Ea a declarat că nu îi va intenta lui Lugo un proces de stabilirea a paternităţii. La ultimul proces, preşedintele a refuzat să efectueze un test ADN pentru stabilirea paternităţii unui băieţel, acum în vârstă de şase ani.
O enoriaşă a fostului episcop a fost mai norocoasă: fiul ei în vârstă de 2 ani a fost recunoscut de Lugo, iar cei doi locuiesc împreună cu preşedintele. Anul trecut, Fernando Lugo a fost dezlegat de jurământul de castitate de către biserica catolică.