Dat drept favorit, Lobos, candidatul Partidului Naţional, prima formaţiune din opoziţie şi care militează pentru împăcare, a obţinut 60% din voturi. Elvin Santos, candidatul partidului la putere, a obţinut 38% din sufragii, după desfacerea a mai mult de jumătate din buletinele de vot. Participarea la vot a fost de 60%, a anunţat Tribunalul Electoral Suprem.
La cinci luni după ce a fost îndepărtat de la putere, Manuel Zelaya, refugiat la Ambasada Braziliei la Tegucigalpa, nu a candidat. El şi-a îndemnat compatrioţii să boicoteze alegerile, sperând că o participare slabă va discredita scrutinul, iar comunitatea internaţională nu va recunoaşte noul guvern.
Nici preşedintele numit la putere după puci, Roberto Micheletti, nu a candidat la preşedinţie, dar a declarat că se bazează pe acest scrutin pentru a scoate ţara din izolare, lucru care a cresut sărăcirea populaţiei.