Retragerea trupelor româneşti din Irak a provocat una dintre cele mai mari dispute dintre Traian Băsescu şi liberali. Conflictul a început pe 29 iunie 2006, când conducerea PNL l-a mandatat pe ministrul Apărării, Teodor Atanasiu, să ceară în CSAT retragerea trupelor din Irak. Premierul Călin Popescu Tăriceanu declara că această măsură trebuie luată din cauza lipsei suportului popular şi pentru că efortul financiar este prea mare pentru România.
PC, UDMR, PRM şi PSD s-au aratat de acord cu propunerea de retragere a trupelor înaintată de PNL. Preşedintele Traian Băsescu a reacţionat foarte vehement. Şeful statului a transmis printr-un comunicat de presă că maniera în care premierul şi ministrul Apărării şi-au exprimat poziţia faţă de retragerea trupelor din Irak este inacceptabilă şi că aduce grave prejudicii României pe plan extern. Traian Băsescu anunţă convocarea, a doua zi, 30 iunie, a CSAT. Şedinţa s-a încheiat cu respingerea propunerii liberale.
Între timp, Preşedintele i-a atacat public pe liberali spunând că din cauza lor România poate fi considerată ca fiind lipsită de credibilitate şi consecvenţă, de către partenerii din NATO. Acesta este, de altfel, momentul în care Preşedintele spune că regretă că l-a numit pe Tăriceanu premier şi lansează ideea grupurilor de interese.
Şeful statului a anunţat că a blocat în ultimul moment o directivă a Ministerului Apărării, care trimisese o telegramă ataşaţilor militari români să informeze guvernele occidentale că România se pregăteşte de retragerea trupelor. În replică, liberalii încep să strângă semnături pentru retragerea trupelor româneşti din Irak. În 26 martie 2007, premierul Tăriceanu declară că va face tot ce e legal pentru ca militarii români să fie în ţară de Crăciun. În replică, Traian Băsescu declară că trebuie să ne respectăm angajamentele faţă de aliaţi.