La sfârșitul anilor '90, Grupul Petrochimic Borzești, din care făcea parte RAFO, a fost divizat în mai multe entități economice: RAFO, Carom, ChimComplex și Uton. Dintre ele, doar ChimComplex a supraviețuit.
Începutul sfârșitului pentru RAFO a avut loc în 1997, atunci când platformei nu i s-a permis să intre în Societatea Națională de Petrol - PETROM SA.
Cei care s-ar fi aflat în spatele deciziei ar fi fost fostul premier Victor Ciorbea și ministrul de atunci al Industriilor, Călin Popescu-Tăriceanu. Totul ar fi fost hotărât pe baza unui studiu făcut de compania Bechtel. Foștii angajați spuneau că rafinăria era destinată să dispară.
În anul 2000, RAFO, încă firmă de stat, se confrunta deja cu dificultăți financiare majore, iar muncitorii au ieșit să protesteze față de modul în care era condusă rafinăria. „Onești, nu uita, RAFO este șansa ta” este doar unul dintre mesajele pe care îl transmiteau protestatarii. Ce nu știau angajații era că, în tot acest timp, soarta lor și a platformei se tranșa la Viena.
Afacerea secretă a fost încheiată la doar o săptămână după ce PSD a câștigat alegerile parlamentare, în noiembrie 2000. În Viena a fost înființată RAFO GmbH, o companie cu 10 acționari, printre care se numărau nume grele precum Corneliu Iacobov, fost vicepreședinte al PSD Bacău, și Răzvan Temeșan, fost președinte al Bancorex, banca a cărei prăbușire a lăsat o gaură de peste două miliarde de dolari în economia României.
Ajutat de Teodor Cărămizaru, lider de sindicat al Electrocarbon Slatina, Iacobov a preluat RAFO. Corneliu Iacobov a cumpărat 59,9 la sută din companie în 2001, cu doar 1,5 milioane de dolari. În acel moment, RAFO avea datorii de peste 110 milioane. Cu sprijinul guvernului condus de Adrian Năstase, Iacobov a transformat datoriile în acțiuni, pe care le-a răscumpărat cu 11,4 milioane de dolari. Cu alte cuvinte, afaceristul a făcut cadou rafinăria propriei sale companii. Statul a rămas fără RAFO și fără 100 de milioane de dolari. Din cauza acestor manevre, Iacobov a fost trimis după gratii 7 ani, dar a fost eliberat mai devreme.
În 2003, RAFO a ajuns din nou în pragul colapsului, cu datorii de peste 200 de milioane de dolari. Atunci, rafinăria a fost preluată de Balkan Petroleum, o firmă controlată de persoane obscure, printre care Marian Iancu, un afacerist implicat în numeroase scandaluri de evaziune fiscală. Guvernul de la acea vreme a refuzat să ofere detalii despre noul proprietar, invocând „secretul comercial”. Ulterior, s-a descoperit că în spatele tranzacției s-ar fi aflat oameni de afaceri controversați, inclusiv Vasile Frank Timiș, fondatorul afacerii Roșia Montană.
În 2005, după ce Marian Iancu și Iacobov au fost trimiși în judecată, controlul asupra RAFO a trecut în mâinile unor oligarhi ruși și ai marilor companii rusești din domeniul energiei, precum Gazprom și Lukoil.
În cele din urmă, rafinăria și-a încetat activitatea în 2008. Un an mai târziu, RAFO a ajuns în portofoliul companiei Petrochemical Holdings, al cărei patron era oligarhul Iakov Goldovski. Tot atunci a fost declarat și falimentul, iar echipamentele au fost trimise la fier vechi. În 2016, noul proprietar a vândut ce a mai rămas din rafinărie unui basarabean cu relații controversate.
Istoria RAFO încă lasă răni adânci în statul român. Anul trecut, un tribunal de arbitraj a decis că România trebuie să îi plătească aproape 85 de milioane de euro oligarhului Iakov Goldovski. Potrivit judecătorilor, acestuia i s-ar fi refuzat „dreptul la un tratament corect și echitabil” în timpul sechestrului pus asupra RAFO în 2015 și 2016.
