Analizând conţinutul lor celor două protocoale, respectiv Protocolul nr.00750 din 4 februarie 2009 şi Protocolul nr.09472 din 8 decembrie 2016, se constată că obiectivele ce au vizat, în principal, ”planurile comune de acţiune” şi ”echipele operative comune” stabilite prin primul Protocol [art.3 lit.g)], în condiţiile în care acest articol nu se prevede doar la cooperarea în vederea prevenirii ameninţărilor securităţii naţionale, ci vizează şi combaterea ”infracţiunilor grave”, depăşesc cadrul legal, în condiţiile în care SRI nu are calitatea de organ de urmărire penală şi, prin urmare, nici competenţă în acest domeniu.
Iată ce spune motivarea Curții:
"În condițiile în care Serviciul Român de Informații nu este nici organ judiciar și nici nu poate îndeplini atribuții specifice activității de urmărire penală, este evident că acesta nu are competența de a strânge și administra probe în procesul penal. O conduită contrară atrage sancțiunea prevăzută de lege, aplicată de instanța judecătorească învestită cu soluționarea cauzei penale. Actele de urmărire penală sunt supuse cenzurii judecătorului sau instanței de judecată în raport cu legea în vigoare și nicidecum raportat la un protocol de colaborare, încheiat de un organ de urmărire penală cu o altă autoritate a statului, și care, în plus, are caracter secret.
În această lumină, apare surprinzătoare concluzia la care ajunge Curtea Constituțională, în opinia majoritară, potrivit căreia protocoalele, ”sub aparența legalității, au pus instanțele judecătorești în situația de a le aplica tale quale, ceea ce a făcut dificilă verificarea dispozițiilor referitoare la competenţa materială şi după calitatea persoanei a organului de urmărire penală și aplicarea sancțiunii nulității absolute”. În primul rând, aceste protocoale au avut caracter secret, fiind supuse regimului documentelor clasificate, astfel că instanțele judecătorești, neavând cunoștință de ele, nu aveau cum să le aplice tale quale. În al doilea rând, observăm că, dacă instanțele ar fi avut acces la aceste protocoale, în controlul judecătoresc asupra actelor de urmărire penală, nu sunt incidente dispozițiilor referitoare la competenţa materială şi după calitatea persoanei a organului de urmărire penală (această confuzie este recurentă în cuprinsul deciziei Curții la care formulăm prezenta opinie separată), întrucât în cauză nu se ridică problema unui organ de urmărire penală necompetent material sau după calitatea persoanei, ci a unui organ care nu are calitatea de organ de urmărire penală. Cu alte cuvinte, indiferent de faptul că ar fi cunoscut sau nu conținutul protocoalelor de colaborare, instanțele judecătorești au fost și sunt obligate să aplice legea și Constituția, verificând aspectele de competență ale organelor care au întocmit acte de urmărire penală prin raportare exclusivă la Legea fundamentală și Codul de procedură penală, cenzurând acele acte care au fost întocmite cu eludarea legilor. Prin urmare, dacă aceste acte au fost efectuate/semnate de ofițeri ai Serviciului Român de Informații, instanțele judecătorești aveau/au obligația legală de a constata nulitatea actului în condițiile art.280-282 din Codul de procedură penală, indiferent de existența și conținutul protocoalelor de colaborare.
Constatăm, așadar, că la data sesizării Curții Constituționale cu soluționarea conflictului juridic de natură constituțională dintre Ministerul Public – Parchetul de pe lângă Înalta Curte de Casație și Justiție și Înalta Curte de Casație și Justiție și celelalte instanțe judecătorești, orice abatere de la dispoziţiile procedurale care reglementează desfăşurarea procesului penal, inclusiv cele referitoare la organele de urmărire penală, poate fi verificată de instanța judecătorească, care are competențade a constata nulitatea actelor încheiate cu încălcarea prevederilor legale. Într-o atare împrejurare, existența unor protocoale de colaborare între Ministerul Public și Serviciul Român de Informații nu este de natură să producă efecte proprii asupra actelor de urmărire penală dintr-o cauză penală dedusă judecății, efecte care ar fi sustrase controlului judecătoresc, astfel că aceste protocoale nu au aptitudinea de a împiedica înfăptuirea justiției. De altfel, la această concluzie ajunge și Curtea, în opinia majoritară, constatând că ”instanțele judecătorești aveau suficiente mijloace de natură a remedia starea de neconstituționalitate creată în derularea urmăririi penale”.
Având în vedere aceste argumente, constatăm că prin încheierea protocoalelor de colaborare, Ministerul Public – Parchetul de pe lângă Înalta Curte de Casație și Justiție nu și-a arogat o competență care aparține puterii judecătorești și nici nu a generat un blocaj instituțional, care să împiedice înfăptuirea justiției de către instanțele judecătorești, astfel că nu poate fi reținută existența unui conflict juridic de natură constituțională Ministerul Public –Parchetul de pe lângă Înalta Curte de Casație și Justiție, pe de-o parte, și Înalta Curte de Casație și Justiție și celelalte instanțe judecătorești, pe de altă parte."