Vacanţele elevilor sunt programate astfel: vacanţa de iarnă (24 decembrie 2016 - 8 ianuarie 2017), vacanţă intersemestrială (4 -12 februarie 2017), vacanţa de primăvară (19 - 30 aprilie 2017) şi vacanţa de vară (17 iunie - 10 septembrie 2017). De asemenea, în săptămâna 29 octombrie - 6 noiembrie 2016, clasele din învăţământul primar şi grupele din învăţământul preşcolar sunt în vacanţă. Pentru clasele terminale din învăţământul liceal, anul şcolar se încheie în data de 26 mai 2017, iar pentru clasa a VIII-a, în data de 9 iunie 2017.
Programul naţional „Şcoala altfel” are o durată de 5 zile consecutive lucrătoare în timpul anului şcolar şi poate fi derulat pe baza unei planificări ce rămâne la decizia şcolilor. Astfel, în funcţie de ciclurile de învăţământ şcolarizate, unităţile de învăţământ pot opta pentru unul dintre următoarele segmente: 21 noiembrie - 2 decembrie 2016, 27 februarie - 31 martie 2017 şi 15 mai - 9 iunie 2017 (învăţământul preşcolar şi primar), respectiv 17 octombrie - 2 decembrie 2016, 27 februarie - 31 martie 2017 şi 15 mai - 9 iunie 2017 (învăţământul gimnazial, liceal, profesional şi postliceal).
Intervalul aferent programului „Şcoala altfel” nu coincide cu perioada în care se susţin tezele semestriale. Acestea vor avea loc, de regulă, la finalul semestrelor, după parcurgerea programei şcolare cu cel puţin trei săptămâni înainte de finalul semestrului. Etapele naţionale ale olimpiadelor şcolare se organizează, de regulă, în perioada vacanţei de primăvară, potrivit calendarului olimpiadelor naţionale şcolare.
Ministerul Educaţiei va elabora metodologia de organizare şi desfăşurare a programului „Şcoala altfel”, care va fi aprobată separat, prin ordin de ministru, după ce în prealabil va fi supusă dezbaterii publice. Obiectivul major este acela de a veni în sprijinul profesorilor şi de a genera coerenţă, la nivel naţional, precum şi o mai bună organizare a programului, în spiritul metodelor inovative şi educaţiei nonformale.
În zilele libere prevăzute de lege nu se organizează cursuri. Unităţile de învăţământ şi inspectoratele şcolare judeţene vor marca prin manifestări specifice, conform planificărilor existente la nivelul fiecărei şcoli, zilele de 5 octombrie (Ziua internaţională a educaţiei), 5 iunie (Ziua învăţătorului) şi 1 iunie (Ziua copilului).
În situaţii deosebite, bine fundamentate, în funcţie de condiţiile climaterice locale speciale şi de specificul şcolii, inspectoratele şcolare judeţene pot aproba, la cererea conducerii unităţilor de învăţământ, modificări ale structurii anului şcolar. Acestea se pot aproba numai în măsura în care se asigură cele 169 de zile de cursuri prevăzute în ordin, precum şi a posibilităţii ca toţi elevii să participe, fără restricţii, la examenele şi evaluările naţionale organizate în sistemul naţional de învăţământ.